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按碳的營養來源不同，微生物分為自養菌和異養菌兩大類。

自養菌(無機營養型)

能(neng)直(zhi)接利用無機物(wu)如空氣中(zhong)二氧(yang)(yang)化碳及無機鹽(yan)類作(zuo)為營(ying)養(yang)(yang)物(wu)來(lai)源，合(he)(he)成細(xi)(xi)(xi)胞所需(xu)要的(de)碳源的(de)微生物(wu)，叫(jiao)自(zi)(zi)養(yang)(yang)菌(jun)。自(zi)(zi)養(yang)(yang)菌(jun)又(you)分光(guang)能(neng)自(zi)(zi)養(yang)(yang)菌(jun)與化學能(neng)自(zi)(zi)養(yang)(yang)菌(jun)。如藻類和含葉綠素的(de)細(xi)(xi)(xi)菌(jun)利用葉綠素吸收(shou)光(guang)能(neng)，從(cong)二氧(yang)(yang)化碳合(he)(he)成所需(xu)化合(he)(he)物(wu)的(de)微生物(wu)叫(jiao)光(guang)能(neng)自(zi)(zi)養(yang)(yang)菌(jun)。而(er)化學能(neng)自(zi)(zi)養(yang)(yang)菌(jun)能(neng)氧(yang)(yang)化一定的(de)無機化合(he)(he)物(wu)，利用產生化學能(neng)還(huan)原二氧(yang)(yang)化碳合(he)(he)成有機碳化物(wu)，這類細(xi)(xi)(xi)菌(jun)如硝化菌(jun)群、鐵細(xi)(xi)(xi)菌(jun)、氧(yang)(yang)化硫(liu)細(xi)(xi)(xi)菌(jun)等。自(zi)(zi)然界中(zhong)的(de)化學能(neng)營(ying)養(yang)(yang)菌(jun)分布(bu)較光(guang)能(neng)營(ying)養(yang)(yang)菌(jun)普遍，對于自(zi)(zi)然界中(zhong)氮、硫(liu)、鐵等物(wu)質轉化有很大(da)作(zuo)用。

異養菌

利(li)用環(huan)境(jing)中(zhong)的有(you)機(ji)碳化(hua)合(he)物(wu)進行氧化(hua)發(fa)酵得到細(xi)胞所需的營養(yang)物(wu)的菌(jun)種叫(jiao)(jiao)異(yi)(yi)養(yang)菌(jun)。它可(ke)以是不含(han)葉綠素的。其中(zhong)有(you)些(xie)細(xi)菌(jun)生活(huo)在(zai)動植物(wu)尸體(ti)上(shang)(shang)吸收養(yang)料，這種營養(yang)方式(shi)叫(jiao)(jiao)腐生;有(you)些(xie)細(xi)菌(jun)生活(huo)在(zai)活(huo)動的動、植物(wu)上(shang)(shang)吸收養(yang)料這叫(jiao)(jiao)寄生。在(zai)循環(huan)冷卻水(shui)(shui)中(zhong)異(yi)(yi)養(yang)菌(jun)利(li)用水(shui)(shui)中(zhong)的有(you)機(ji)碳化(hua)合(he)進行繁殖。一般常將用特定異(yi)(yi)養(yang)菌(jun)培養(yang)基培養(yang)出(chu)的細(xi)菌(jun)統稱為異(yi)(yi)養(yang)菌(jun)。經有(you)關研究人員監測分(fen)(fen)析，循環(huan)冷卻水(shui)(shui)中(zhong)的異(yi)(yi)養(yang)菌(jun)約分(fen)(fen)60個屬。

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